仅以这一时期密切相关的研究成果来看（即第2册目录），有关人文社会科学研究的日文论文总计1222篇（部），其中涵盖了历史、历史地理、经济、社会、政治、法制、宗教、天文、医学和语言等方面。其中，考古、历史和历史地理计89篇（部），占7.2%；经济、社会、政治和法制计58篇（部），占4.7%；宗教计775篇（部），占63.4%；语言、文化计140篇（部），占11.4%；实地调查计102篇（部），占8.3%；其他48篇（部），占3.9%。这些数字也可以说明这一时期的一些研究倾向：仍然以宗教研究为主，但历史、语言文化和实地调查也占了不小的比例。
此外还出版了其他目录，[lv]但自从1995年开始，在贞兼绫子的倡导下，日本西藏学会开始关注研究文献目录的编辑和积累问题，终于从2003年开始，在其网页上公开了自1996年以来的研究目录：《日本におけるチベット研究文献目録（1996年—）》（《日本西藏研究文献目录》）[lvi]这样一来，今后利用网络可以为学者提供更多的学术信息。
这个阶段，在日本的藏学取得了一定成绩的基础上，很多学者开始自省和反省日本的藏学研究。其中特别要介绍的是山口瑞凤等人开始呼吁：应该在国立大学中设立西藏学研究和教育的讲座位置。[lvii]但是这种呼吁并没有得到更多回应，相反在接下来阶段的研究中，作为半官方性质的东洋文库中的藏学研究也丢失了其位置。而在私立大学中藏学研究却异常活跃了起来。
四、日本藏学研究的现状（20世纪90年代— ）
20世纪80年代末，随着山口瑞凤等著名学者离开东洋文库，东洋文库的藏学研究逐渐失去了过去的繁荣景象。其研究逐渐转向单一化——西藏佛教的研究。从这一时期作为东洋文库主要研究员福田洋一的回忆来看，那个时候仅仅是他一个人或者是与一位来自国外的西藏人一道，阅读和整理佛典，甚至有时候，他一个人就是东洋文库西藏学研究的全部代表，[lviii]直到2001年彻底撤销东洋文库内的西藏研究室。10年来，福田洋一从事的是细致入微地研究西藏佛典特别是格鲁派开创者宗喀巴大师的著作，他尤其研究的是宗喀巴大师著作中的因明学部分。[lix]他的工作非常细致认真，成果也非常显著。同时作为研究所内的工作之一，福田洋一也是最早开始西藏文献电脑化处理的研究者之一。他的研究是前一个阶段兴盛之后，日本藏学研究者理所当然地深入具体研究西藏文献的正常表现，但同时也暗示了曲高和寡、不为人接受的危机。[lx]
作为本文中时间标尺之一的索南加措（萨迦派活佛），他也可能没有想到，在他去世后的10多年间，从他开始的西藏曼荼罗的介绍和研究工作成为了日本西藏学研究中的一支主要力量。[lxi]上世纪80年代末索南加措去世后，《西藏沃尔寺曼荼罗：图版》出版；1991年，《西藏沃尔寺曼荼罗：曼荼罗诸神系谱表》出版。[lxii]直到2005年，立川武藏又开始整理和出版这些曼荼罗。[lxiii]立川武藏是目前仍然活跃在日本藏学研究领域中的著名学者。他研究的范围相当广泛，著作颇丰。据2004年名古屋大学印度文化研究科编辑的《三山七河：立川武藏教授花甲纪念论文集》中所附立川武藏教授著作目录看，他将近撰写了200部（篇）有关西藏曼荼罗、佛教空思想的研究、印度教的实在论、日本佛教、佛教学等论著。[lxiv]立川武藏最初和萨迦派结缘是在1974年，那时候他来到东洋文库，跟随索南加措解读《土观宗教晶镜史》中的“萨迦派”一章，[lxv]后来跟随索南加措和格增桑宝研究沃尔寺的曼荼罗。[lxvi]近10多年间，立川武藏在西藏密教和曼荼罗上的功绩，在当今学者中可谓首屈一指。1999年，他与赖富本宏编辑的《西藏密教》出版，代表着这个时期日本西藏密教和曼荼罗研究的一个重要成就。[lxvii]2004年，他的《曼陀罗的诸神》的出版，[lxviii] 2005年开始重新编辑3卷本《沃尔寺的曼荼罗》，这些成绩既是他个人研究的热情表现，也是整个日本的西藏曼荼罗和密教研究的一种倾向。
除了立川武藏的研究以外，在密教和曼荼罗研究方面，还有松长有庆、田中公明、北村太道、森雅秀、山口しのぶ等。从西藏密教的研究中，很多学者逐渐转向了仪礼和佛教绘画的研究。[lxix]这也是最近的研究生们所热衷追求的论题。[lxx]
从1961年3位西藏人来到日本开始，之后日本各地的藏学研究中基本上都在利用西藏人参与从事共同研究工作。1974年通过国际佛教学会组织，慈诚格桑（日文名叫白馆戒云）等西藏佛教学博士从印度来到日本，可以说进一步促进了日本的藏学研究，尤其是西藏佛教学的教学和研究工作。慈诚格桑首先在各地相关佛教大学中讲授藏语，后来逐渐在京都的大谷大学中确立了研究和讲授西藏宗教的地位。[lxxi]特别是随着新一代学者的研究逐渐转向西藏各个宗派的研究，尤其以格鲁派的研究为主，展开新的研究，慈诚格桑的力量也就逐渐地显示了出来。虽然刚来到日本时，他仅仅以藏语讲师的身份奔走于各地佛教大学，[lxxii]但是等到他的地位确立以后，即开始讲授西藏佛教，尤其是格鲁派的宗义，从此以他为中心，京都逐渐成为西藏佛教研究的重镇。[lxxiii]
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