从语言学的研究来看，主要进行了词典的编辑工作和现代藏语教科书的编辑工作，具体的研究尚处在起步阶段。如前所述，1961年在洛克菲勒财团的资助下，来到日本的3位西藏人中，有一位贵族妇女叫次仁卓玛，她在东洋文库的主要工作就是一位语料的提供者（informant），这项研究是东洋文库设立的西藏研究中的主要项目之一：“藏日字典的编辑”和“现代藏语的记录研究”项目。[xxxvii]实际上这个工作是一项持续进行的研究工作，早在1940年左右，河口慧海将自己搜集的藏文大藏经全部捐赠给东洋文库，并且在东洋文库设立河口慧海研究室，开始编辑“藏日词典”，但是工作刚开始不久，因他的去世而没能完成这项工作。[xxxviii]从1956年开始，多田等观与其弟子开始整理编辑东洋文库藏文文献和编纂藏日字典工作。[xxxix]编纂字典工作一直持续不断，耗时极长，直到90年代才出版了一本分类辞典。[xl]另外，这一时期星实千代编辑了口语教材。[xli]此外，这一时期已经开始出现了去中国或印度、尼泊尔等地实地调查研究的机会，故对于西藏现代语方言研究也有了一些成绩。[xlii]对于西藏语内部结构的研究也开始展开。[xliii]另外，对于西藏语法的研究和解释，依然是日本学者的主要工作，这与藏语的教学工作有密切关系。[xliv]
这一时期，也是日本藏学研究中的实地调查研究的进展时期。在前一阶段入藏取经者记录的旅行记基础上，从1953年开始，川喜田二郎、高山龙三等人在尼泊尔的喜马拉雅地区作民族学的调查研究。在那里，他们主要调查研究藏族社区中的夏尔巴人、杜波人、隆巴人、珞巴人的社会文化。首先他们将调查获得的资料用英文出版，提供给世界各国的研究者使用。其次是随着这种调查研究的深入，不仅以调查的资料为主进行了民族文化的分析比较，而且还作出了相关的研究方法论。这就是著名的KJ法，即以川喜田二郎的名字命名的方法，它主要介绍在一个小组合作中，怎样处理好资料的搜集和分工合作，从而获取最为可靠的资料，得出科学的结论。这也是川喜田本人毕生努力的研究——就是要在文献研究、实验室研究以外，找到野外研究的科学方法。[xlv]据说此方法后来普遍采用于日本一般的企业之中。[xlvi]川喜田二郎对于西藏人的社会和文化的调查分析，取得了巨大的成果。
到80年代后期，作为这一阶段研究结束的标志，可以说与下面几本重要著作的出版有密切关系：1986年，山口瑞凤监修的《チベットの佛教と社会》（《西藏的佛教与社会》），在他60岁之际出版，书末附有“山口瑞凤博士著作目录”，实际上本书也可以说是为他本人的“花甲（还历）纪念专集”。这本煌煌巨著收录了这个时期最重要的一些学者的主要成绩。1987至1988年，山口瑞凤出版了其总结性研究成果《チベット》（《西藏》上、下），[xlvii]此书的出版也可以认为，为他那个时代画上了圆满句号。此外，1987年，作为北村甫的弟子的长野泰彦，与立川武藏合编了《チベットの言语と文化：北村甫教授退官纪念论文集》（《西藏的语言与文化：北村甫教授退休纪念论文集》），[xlviii]这也是一本这个时期研究的重要论文集。1989年长尾雅人等编辑的《岩波讲座?东洋思想第二卷——チベット佛教》出版，也是一本荟萃西藏佛教研究成果的重要著作。[xlix]除此，1989年，国际西藏学会第5次大会在成田山召开，150多名来自世界各国的藏学研究者齐聚在这里探讨藏学问题，[l]这也可以视为日本藏学研究第二阶段的结束。这时期还可以提到的事件有，1989年左右，代表这一时期顶峰研究的山口瑞凤教授，离开东京大学和东洋文库来到名古屋大学执教。[li]等等。
看起来这些事例非常巧合，但实际上它蕴含着学术自身发展的某种规律。这些著作的出现，正是日本藏学研究第二个阶段的重要成果的集中展示，同时，也表明了新的研究动向正在酝酿和兴起之中。
这个时期，还不应该忽视一种现象，那就是新的文献资料搜集工作的进一步展开——日本藏学史上的第二次西藏文献大搜集时期。1968年美国国会图书馆实行PL480计划。[lii]通过这个计划，美国国会图书馆从印度购置了数以千计的藏文文献。美国的藏学研究从此迈入了新的台阶。而日本的藏学研究者，也积极参与此项购书计划。除了得到了PL480计划的所有资料以外，并且还获得了PL480的缩微单片胶卷（microfiches）。同时从1970至1980年代，日本各大学又掀起了新一轮的搜集西藏文献热潮。大学或研究机构，都采取各种资金援助的方式，直接以文化登山队、考察队名义去当地搜集文献，或者派专人直接购买，大量搜集印度的西藏文献。到现在为止，日本的藏学界还在不断搜集印度、中国等出版的藏文文献。[liii]
随着藏学研究的逐渐成熟，编辑研究文献目录，为研究提供方便也是这个时期的一个特征。其中最为引起学界注意的是由贞兼绫子编辑的《西藏研究文献目录I》（1877—1977）和《西藏研究文献目录II》（1978—1995）。[liv]这两本目录搜集了1877至1995年之间发表的有关西藏研究的日文、汉文以及欧洲文字著作、杂志论文。从地理范围上，此书包括了西藏自治区、青海省、甘肃省、云南省、四川省等各州地的藏族，以及拉达克、尼泊尔、锡金、不丹的喜马拉雅地区。从内容上，此书包括了有关西藏的文化、历史、地理、宗教、民族、语言等。
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