上世纪60年代末，随着这些最初的文献搜集者中的最后一位和尚学者——多田等观的去世（1967年）。可以说，日本的藏学研究的基础已经基本上建立起来了，那一代学者圆满地完成了自己肩负的历史使命。
另外，这个时期还有一项工作值得提及。大约在50年代末至60年代初，在日本铃木财团资金的支持下，开始影印大谷大学所藏北京版的藏文大藏经。这样一来，日本的许多相关佛教的大学中都有了收藏藏文大藏经的可能。[xviii]这也在一定程度上促进了日本藏学的发展。这时候在日本思想界，还出现了一种思潮。那就是随着战后日本经济文化的复苏，学者们开始反思东方文化与西方文化思想的问题。这种思潮也进入了藏学研究的领域，也有人开始思考作为东方文化的西藏文化的价值与意义，[xix]这也可以看做是藏学研究开始兴盛起来的一种前兆。
三、各项专业研究的展开（20世纪60年代—80年代）
1959年数万名西藏人流亡印度。1959年末，洛克菲勒财团提出了一项援助在印度的流亡藏人和推动各国藏学研究的计划。这项计划规定，西方各大学可从印度的西藏人中选择有能力的学者前往其学校，洛克菲勒财团为这些大学提供3年的藏学研究经费。这样，当时有名的藏学家如意大利的图齐教授（G.Tucci）和伯戴克教授（L.Petech）、法国的石泰安教授（A.Stein）、德国的霍夫曼教授（H. Hoffman）等10多名国际知名的藏学家聚集在作为这项计划中心的美国西雅图华盛顿大学的远东?俄罗斯研究所，各自选择了2至4名藏族学者，作为各自国家研究中心的研究员。日本藏学界也积极响应，参与了这项计划，并选择了3位藏族学者。[xx]从此日本的藏学研究开始进入了一个崭新的阶段。直到1987年当时来日的3人中的最后一名学者索南加措去世，[xxi]作为这个时代的一种象征，日本的藏学研究又走过了一段非常兴盛的时期。
从这一时期整个日本藏学的研究情况来看，日本的西藏佛教学研究、历史学研究、实地调查研究、语言学研究等，都发展迅速、异常活跃。各专业研究中出现了一些著名的学者和重要的著作，而且一些研究机构逐渐成为了藏学研究的重要基地。比如东京的东洋文库，它以这3位西藏人为中心，近30年来展开了西藏历史、宗教、语言等方面的研究，培养了许多著名的学者，形成了自己的研究传统。[xxii]
从西藏宗教学的研究来看，这一时期，大学内开始兴起西藏佛典的研究，并有逐渐兴旺的趋势。在私立大学方面，高野山大学、大谷大学、驹泽大学、龙谷大学、立正大学、大正大学、早稻田大学、东洋大学、天理大学等都设置有相关的研究所。从国立大学方面来看，东京大学、京都大学、东北大学、名古屋大学、九州大学、北海道大学、广岛大学等也设置了同样的佛教讲授和研究所。另外国际佛教大学院图书馆、成田山佛教研究所也有相关的西藏佛教研究。[xxiii]
从宗教研究的特点来看，这时期有一个明显的特点，就是学者们开始从前一阶段的概述性研究，逐渐转向了具体宗派的研究。如东洋文库组织许多学者对《土观宗教晶镜史》中的各种宗派进行的翻译、注释和分析研究；[xxiv]御牧克己也对《洛萨宗教史》进行了注释研究。[xxv]此外，仍然有不少研究倾向于整体和概论性的，比如长尾雅人、矢崎正见等。[xxvi]还有一种现象，对于西藏密教的研究也出现了很大的兴趣，比如立川武藏、色川大吉等。[xxvii]对于西藏苯教的研究，主要由光岛督展开研究。他的论著除了关注苯教本身以外，还讨论苯教与佛教的关系、苯教史料中的吐蕃等问题。[xxviii]另外，在前一时期开始编纂的藏文大藏经目录工作，持续进行，并且也取得了一定的成果。大约到上世纪80年代，这项艰巨的工作基本上完成，这项目录学的研究编辑工作，不仅包括了本国搜集的西藏文献资料，而且也包括国外收藏的缩微胶卷的资料。从这个角度来说，也可以体现日本西藏学研究基础工作的牢固和国际化。[xxix]
从历史学的研究来看，这一时期的研究主要集中在西藏古代史和中世史的研究。在前一阶段作出开拓性探讨的佐藤长，继续出版了很有影响的两部著作：《チベット历史地理研究》（《西藏历史地理研究》）（1978）和《中世チベット史研究》（《中世纪西藏史研究》）（1986），并且再版了《古代チベット史研究》（《古代西藏史研究》）（1977）。[xxx]他的这些著作对日本藏学界的影响是深远的，甚至在国际藏学研究史上也是非常重要的成果，至今仍然是西藏史研究者的必读书目。除了佐藤长，稍后开始研究西藏历史文化的山口瑞凤，可以说将日本西藏古代史的研究推向了顶峰。山口瑞凤研究范围宽广，涉及西藏文化的各个方面。他的主要著作是《吐蕃王国成立史研究》（1983），[xxxi]从研究风格上来看，他受到法国导师石泰安的影响较大，1964年他从法国访学归来，在多田等观的指导下与东洋文库的西藏人合作整理西藏文献，并开始西藏历史、宗教的研究。[xxxii]因此，在他的研究中，大量引用了敦煌文献来解读西藏历史。利用敦煌文献进行西藏历史、宗教研究似乎也成为了这个时期研究的一种主流。这方面森安孝夫[xxxiii]和武内绍人[xxxiv]也取得了重要的成果。说到对于敦煌西藏文献的研究，还应该提到山口瑞凤主持的大英博物馆藏斯坦因搜集的西藏文献的解题目录的编辑工作，这项工作耗时10多年，共计完成了12卷的解题目录：《スタイン蒐集チベット語文献解題目録第1-12巻》（《斯坦因蒐集西藏语文献解题目录》1—12卷，1977—1988）[xxxv]，这个目录对于利用敦煌文献进行研究提供了诸多方便。同时，山口瑞凤主持的《敦煌胡语文献》（即塚本善隆等监修《讲座敦煌》第6卷）的出版，是这个时期敦煌藏文文献研究成果的集中体现。[xxxvi]
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