1847年，新任教育部长在收到富科斯递交的另一份活动情况报告之后，决定不再发给他薪金，因为他认为藏语教授这一职务毫无用处而且付出的代价太高。不过，如果富科斯愿意继续他的教学工作的话，他也允许他继续进行。富科斯没有丧失信心。11月，他开始授课，仿佛一切都没有发生过；他不顾生活的需要，他没有放弃学生，勇敢地担负起他的重任。
1848年，情况变得异常复杂。此时巴黎暴发了革命，但他依然毫不动摇地坚持授课，拒绝放弃。他出版了《普曜经》的新版本。这是“根据《甘珠尔》藏文版翻译，根据梵文原文进行校正”的。全书分为两卷：第一卷与可靠的藏文经文完全一样。国家印刷厂根据富科斯手体刻制的新字体进行排版印刷。对于富科斯来说，这是一次极大的成功。因为这是在法国印制的而不是手抄的第一部藏文著作。他期望这次十分顺利的发行对共和国政府能造成积极的影响。但他的希望落了空。
尽管有这种阻力，但他既没将减少其热情也没有减少他的努力。1851年，他出版了《<甘珠尔>藏文经文》并附有专有词汇表。1852年，他出版了《藏族文学作品》。1854年，又出版了附有藏文、梵文经文的《妙法莲华经》第四章的译本。
正是在这个时候，人们，特别是罗马天主教教士们对西藏的兴趣与日俱增。准备到印度或中国，然后到喜玛拉雅诸国的天主教传教协会请成员们来听他的课。他们中间的一位神父路易斯·诺埃尔·贝尔纳于1849年12月23日首先离开巴黎。值得一提的是，他在去西藏的途中将去参观位于萨特莱杰河上游峡谷加姆的乔玛的故居。另外两名教士朱理安·拉宾和尼古拉斯·克里克在动身前往加尔各答以前也上了藏文课。她们当中最著名的是奥古斯特·德格汀斯神父。他于1855年7月15日离开巴黎，后来成了一名藏学家，成了藏语口语语法书及藏、法、拉丁词典的作者。在前往扎布让的途中，他也参观了乔玛在加姆的故居。
但是，他所有的学生都没能成为传教士，这是显而易见的。例如，他们中的孟加拉学者让·奥古斯特·斯持克成了根特大学的教授。芬兰学者亚伯拉罕·H·A·谢尔格伦成了《摩珂婆罗多》译本的作者。令人遗憾的是，他们都未能继续从事藏学研究。因为在他们各自的国家里没有进行教学的可能性，因此也就没有研究的机会。
1853年11月30日机遇终于来临，此时，教育部长通知富科斯，他又获准领取薪金，这是正式承认他对科学进行的不懈努力及对教学工作的无私奉献。另一方面，他个人的情况并不稳定，因为他的课程是临时性的。
四、法兰西学院的教授
法兰西学院是法国最高的教育机构。这是一个临时的机构，学生们可以在那里学到其他地方学不到的专业知识。因为其他晋升的机会渺茫，聘任为法兰西学院的教授是东方研究学院每一位教师梦寐以求的。在巴黎的索邦大学里无人教授东方学的专业知识。
1852年，年仅51岁的欧仁·比尔努夫去世了。他始终是富科斯的导师，也是那个时代里著名的法国东方学家。人们蜂涌而来听他的课，他们不仅仅来自法国各地，也来自许多国家。他的猝死给法国学术界留下了极大的空白。谁愿意承担起他的事业之重任呢？知识渊博的梵文学者寥寥无几，其中之一就是学风严谨的富科斯，他一直是欧仁·比尔努夫十分勤勉的学生，但他已经成为了一名藏学家。尽管他以一名西藏专家而不是印度学专家闻名，但他从未放弃过对梵文的研究。
他再次充满希望，为什么他不能接替其导师的教授职位呢？他精通梵文，他已经撰写了几部著作及论文，它们证实了他无可否认的能力。令人遗憾的是：这位和蔼可亲的谢世之人还有另一个弟子，他是印度学家泰奥多尔·帕维（他曾在1840年在加尔各答工作时，在亚洲协会的大楼内见过乔玛），权威人士们先于富科斯选中了此人。
美梦来得快去得也快。富科斯尽管十分悲观失望，但他依然生活在某种希望当中，他希望总有一天，他的努力能得到应有的报偿。
1857年1l月，保皇党人帕维出于政治上的原因向帝国政府提交了辞呈。1l月23日，富科斯接替了他的职务，他终于成了法兰西学院的教授。不是名义上的教授，而是真正的教授。但五年之后，即1862年12月8日，他才得到教授职务的正式确认。这是在欧洲，在整个西方世界中第一次，一个研究西藏文化的专家被授予如此高的职位。富科斯享有这一职务长达32年之久，直到去世。
五、献身藏学
富科斯在法兰西学院的身份正式称为梵文语言及文学主席。这意味着如果他愿意的话，他可以马上放弃藏文教学和研究，但他是一个十分审慎的人，他继续在东方研究院无报酬地授课，他期待他最优秀的弟子莱昂·菲尔能够接替他的工作，他不想使他的学生失望。除此之外，他对藏文课怀着深深的依恋之情。这门课程是20年前由他设置的，是独一无二的，他并不急于放弃教学，他为自己在恶劣环境中坚持藏语教学倍感自豪。
1858年，他出版了用法文写的《藏语文法》。这本263页的文法书附录了32页的前言。与乔玛用英文，施密德用德文写的文法书相比有了无可否认的改进，当然其差别不会很大。富科斯竭力对藏语语言学的特性做出更为明确的解释：例如，对后置词及它们应起的作用，他与乔玛的看法各异。毫无疑问，富科斯的文法书给不需要想象力的这一研究领域带来了有趣的变革。
同年，他出版了书名为《妙言之源》的法文译本，这是著名的藏族博学多才的道德家萨迦班智达（萨班·贡噶坚赞）的134句格言的译本。萨迦班智达的《萨迦格言》最初是用梵文出版的。亚历山大·乔玛·德克勒希在加尔各答时已用英文将一部分格言译出，但出于不详的原因，他的著作只是在去世后很久才在孟加拉亚洲协会周刊上分别于1855年2月和1856年4月刊载。
1863年，富科斯发表了《欧洲及亚洲出版的佛教著作之调查报告》。1864年又发表了《佛教涅磐教义》和《藏传佛教》。1867年发表了《问答选粹》，这是一本藏经的法文译本．同时，他还撰写了关于印度题材的许多著作论文，例如，《摩珂婆罗多十一章节》（1862年）及迦梨陀娑的一个剧本《胜鬘和火天友》。
六、与玛丽·萨默的婚姻
现在，他不仅仅是藏学的化身，而且也是一名著名的东方学家，是巴黎亚洲协会的领导人。他还是几个外国有名协会的通信会员，其中包括孟加拉的亚洲协会，他成了声名显赫的教授，法国学术界的头面人物。此时他已51岁了，到了该结婚的时候了。
因此，他娶了比他年轻21岁的路易斯·夏格持·菲隆为妻，她是索邦一名颇受尊敬的历史学家和教授的女儿，也是欧仁妮公主之侍女及两名历史学家的妹妹。其中一位历史学家是皇太子的老师。整个菲隆家族都献身于历史文学及政治学。
看起来这对性格不合夫妇的婚姻注定要以失败告终，然而相反的是，这次婚姻是成功的，路易斯·夏洛特以玛丽·萨默的笔名著书立传，成了著名的女作家。她写了许多受人喜爱的传记、小说和历史著作，在她丈夫的影响下，她也写了一些有关东方问题的著作。例如，她于1874年出版了《印度神话和传说》；1873年发表了《从释迦牟尼时代至今的佛教尼众》；1874年又发表了《迦梨陀娑与莎士比亚之女主角对比研究》；1893年出版了《悉达多王子的经历》等。每一次富科斯都为她书写序言。
富科斯在法兰西学院任教期间，尽管他只负责印度学，但他没有忘记西藏。他专门开设了有关大乘佛教的讲座，他以讲解已译成藏文的梵文手稿为由，研究了这些译文，强调藏学研究的重要性。他还写了一些有关藏传佛教及西藏文明的论文，投稿于几份评论杂志上。
自1842年乔玛去世之前，他开设藏语课以来几年已经过去了。他的杰作，即附有全部藏文原文的全套《日曜经》，分两卷由法国东方艺术博物馆（1884和1892年）的吉梅博物馆出版。他在东方研究院的继承人莱昂·菲尔不仅仅教授藏文，也教授蒙古文，这使得欧洲对西藏的了解得到更大的进展。由于有像施拉金韦特兄弟，加布里埃尔·邦瓦洛，朱尔斯·迪持维尔·德莱因及尼古拉·普烈热瓦尔斯基这样的探险家，使得西藏在亚洲地图上不再是一片空白。由于阿古斯持·德格汀斯这样的传教士，西藏的生活方式和日常生活情况被描述得淋漓尽致。更由于有了像H·A·耶施克尔·萨拉持·钱得拉·达斯这样的学问高深的人，藏语才开始更为人所知。除此之外，富科斯的一些学生在西藏研究方面声名大振。例如，美国的威廉姆·伍德维尔·柔克义及法国的探险家亚历山大·大卫·妮尔。
所有这一切使这位老人深感满意，他毫不后悔走了一条充满艰辛的科学研究之路，这种研究在当时仍处于初级阶段。在19世纪的最后几年里，藏学已不再是他的专利。他于1894年5月19日在巴黎溘然长逝，享年83岁。
